ซอฟต์แวร์ SepacoreControl ช่วยให้สามารถจัดการและเขียนโปรแกรมวิธีการทดสอบได้ง่ายยิ่งขึ้น การเตรียมวิธีการโดยทั่วไปจะทำโดยการรวมขั้นตอนต่อไปนี้เข้าด้วยกัน: การปรับสภาพคอลัมน์ การแยก การไล่สารเพื่อทำความสะอาดคอลัมน์ ขั้นตอนการไล่สารจะเป็นการแลกเปลี่ยนตัวทำละลายโดยอัตโนมัติภายในหลอดทั้งหมด เช่น ในกรณีที่ต้องการเปลี่ยนจากการทำงานโดยใช้เฟสปกติเป็นเฟสกลับด้าน

ฐานข้อมูลของตัวทำละลายโครมาโตกราฟีที่ใช้กันทั่วไป รวมถึงพารามิเตอร์ต่างๆ เช่น จุดเดือด ขีดจำกัดทางยูวี และตัวย่อ สามารถเพิ่มข้อมูลตัวทำละลายและสารผสมตัวทำละลายใหม่ๆ ได้อย่างสะดวก

การเปลี่ยนกราเดียนท์ตัวทำละลายและอัตราการไหลแต่ละส่วนในอนาคตสามารถทำได้ในระหว่างการทำงาน ฟังก์ชั่นเฉพาะ เช่น การรักษาสารผสมตัวทำละลายตามระยะเวลาที่กำหนดหรือการเพิ่มส่วนกราเดียนท์ใหม่ สามารถเรียกใช้ได้ง่ายๆ ในไม่กี่คลิกเท่านั้น

การควบคุมปั๊มในระบบ Sepacore สามารถทำได้ด้วยตนเองโดยไม่จำเป็นต้องเขียนโปรแกรมวิธีการทดสอบ วิธีการนี้จะช่วยปรับระบบให้มีความพร้อมสำหรับการทำงาน เช่น โดยการไล่อากาศออกหรือการแลกเปลี่ยนตัวทำละลายแบบเร็ว