一般的に、大部分のタイプの試料は凍結乾燥が可能ですが、油分・糖・塩類を多く含むものや、不透水性の膜を形成してしまう物性のものは向いていません。
乳化液、懸濁液、固形状態のいずれも対応できます。

減圧の設定を氷の蒸気圧より低くする事がまずは重要です。しかし強すぎる減圧は凍結乾燥の生産性を下げる原因にもなります。
凍結乾燥を円滑に進めるには、減圧の設定だけでなく、昇華によって奪われる熱エネルギーを適度に補てんする事も重要です。ただしこの時に凍結させた試料に影響がない範囲で温度のコントロールを行う事が重要です。

乾燥棚から試料に適度な熱エネルギーを継続的に補てんすることによって、昇華効率が向上し、凍結乾燥の所要時間が短縮し、乾燥の再現性も向上します。
また、乾燥後の残存水分量を1％程度にまで下げたい場合にも特に有効です。
凍結乾燥機Lyovapor Proでは、±1℃の精度で乾燥棚の温度制御が可能です。

「一次乾燥」においては、試料のガラス転移点(Tg)、崩壊温度、または凍結させた試料の共晶融点が重要なパラメーターです。
「二次乾燥」においては、ガラス転移点と共晶融点のいずれの温度も超えないようにする制御する必要があります。
凍結乾燥機Lyovapor Proは、試料の実温度が所定の温度を超えないようにする保護機能を備えています。

圧力測定にはピラニ式のセンサー、高精度な圧力測定には静電容量式のセンサー、試料の実温度の測定には測温抵抗体を利用します。

L-200Proでは温度差、圧力差のいずれで検知ができます。L-300Proでは温度差、圧力差、圧力上昇のいずれかで検知ができます。これらの検知にはオプションのセンサーを併用します。

Infinite Control™は、凍結乾燥機LyovaporのインターフェースがPro仕様で、加熱機能付き乾燥棚と、データ記録とプロセス制御用のソフトウエア、そしてリアルタイムの遠隔モニタリングが可能なAPPなどの組み合わせにより実現する機能です。
これらの組み合わせにより、使い勝手が良く効果的な凍結乾燥と最適な凍結乾燥を実現します。

乾燥棚の複数本の少量容器（バイアル瓶）を配置する場合は、棚の中心付近にある容器の温度を測定する事が推奨されます。