Mithilfe dieser beiden Pumpmodule kann ein binärer Gradient gebildet werden. Die Lösungsmittel gelangen über den Saugschlauch (Eingang) in die Pumpenköpfe (Lösungsmittel A und B). Der FEPSchlauch leitet das Lösungsmittel in die Mischkammer mit dem integrierten Drucksensor und von dort gelangt es weiter über das Injektionssystem mit Druckschlauch zur Säule (Ausgang). Der Pump Manager C-615 reguliert die Förderleistung der Pumpmodule 1 und 2 und überwacht den aktuellen Druck. Der Maximaldruck für den Pump Module C-601 beträgt 10 bar (145 psi) und für den Pump Module C-605 50 bar (725 psi). Ausserdem können mit einer Reihe von Programmen und Einstellungen Flussrate, Druck, Zeit und Gradient der Lösungsmittel gewählt werden.